Schwerpunkt der musikalischen Arbeit ist die klassische Kirchenmusik. Kinder aus allen Chorgruppen gestalten Gottesdienste, Hochfeste, Festakte und Aufführungen oratorischer Werke wechselseitig in den Gemeinden Christuskirche und Ev. Stadtkirche.

Cantus Juvenum Karlsruhe e.V. führt zudem jährlich zwei Hauptkonzerte durch: beim Sommerkonzert präsentiert sich der Chor mit einem weltlichen Programm.
Das Weihnachtskonzert findet traditionell mit geistlicher Musik am 4. Advent alternierend in der Ev. Stadtkirche und der Christuskirche statt.

Seit Dezember 2007 besteht eine Kooperation mit dem Badischen Staatstheater Karlsruhe ("Johanna auf dem Scheiterhaufen", "Hänsel und Gretel"). Verschiedene Chorgruppen haben erfolgreich bei Aufführungen wie z.B. "Die Zauberflöte", Carl Orffs "Carmina Burana" oder den "Weihnachtssingen" 2008 und 2009 mitgewirkt.

Mit sehr großem Erfolg wurde im Juli 2008 das Kindermusical "König Keks" von Peter Schindler in der Schauburg Karlsruhe uraufgeführt. Daneben werden immer wieder einzelne Sängerinnen und Sänger als Solisten oder Aushilfen zu Aufführungen anderer Kantoreien oder sonstiger Veranstalter in der umliegenden Region engagiert.